Horvátország uniós csatlakozása számos hatással van a Balkán minden országára, Szerbia és Bosznia-Hercegovina pedig már közösen szólaltak fel az őket érő kereskedelmi sérelmek miatt-számolt be a SETimes. A két ország képviselőinek hivatalos találkozóján állapodtak meg abban, hogy gazdasági érdekeik védelmében a jövőben együtt fognak fellépni.
Az uniós csatlakozással egyszerre megszűnt a nyugat-balkáni ország CEFTA tagsága, amely jelentős vámnövekedéssel sújtja a szomszédos országok közötti áruforgalmat. Mindeközben az Európai Unió továbbra is támogatja, hogy a 28. tagállam erősítse hagyományos kereskedelmi kapcsolatait szomszédjaival.
A Horvátországgal jelentős kereskedelmet folytató két ország heves reakcióját az váltotta ki, hogy az Európai Bizottság legújabb tagállamának kérésre kész felülvizsgálni az EU és CEFTA közötti megállapodást. Szerb és bosnyák vélemények szerint ezzel szomszédjuk olyan pozíciót kaphat, melynek köszönhetően a horvát export továbbra is előnyöket élvezhet a közép-európai integráció országaiban, miközben a Horvátországba áramló import már az unió egységes piacára érkezik, ezzel komoly terheket róva az egykori jugoszláv tagköztársaságokból érkező javakra.