Oroszország közép-ázsiai befolyásának megerősítésében nagy szerepet játszanak a katonai bázisok fenntartásáról szóló megállapodások. A kirgiz támaszpontok helyzetének tisztázása után Moszkva jelenleg Tádzsikisztánnal próbál dűlőre jutni. Bár szeptember 22-én Igor Suvalov miniszterelnök-helyettes arról tájékoztatta a sajtót, hogy a két ország már „nagyon közel” van a megállapodáshoz, a RIA Novosztyi egy héttel később készített interjújában egy magasrangú katonatiszt úgy nyilatkozott, hogy a tárgyalások júliusig is elhúzódhatnak.
A jelenleg érvényben lévő megállapodás a tádzsikisztáni bázisok használatáról 2014-ben jár le. Bár az új szerződés aláírását már 2012 elejére tervezték, a tárgyalások a legkevésbé sem mondhatóak zökkenőmentesnek. Ennek oka a Kommerszant értesülései szerint az, hogy Dusanbe számos olyan feltételt támasztott, amiket az orosz kormányzat „homályosnak és elfogadhatatlannak” tart. A nyár folyamán több olyan nyilatkozat látott napvilágot, ami a felek közötti véleménykülönbségről szólt, sőt, az a lehetőség is felmerült, hogy a megállapodás egyszerűen felbomlik a szerződés lejárta után.
Tádzsikisztánban három orosz támaszpont található, egy a fővárosban, Dusanbében, egy a fővárostól délnyugatra, Qurgonteppában, illetve egy délkeleten, Kulobban. A bázisok 2004-től működnek hivatalos megállapodás alapján, a legnagyobb létszámú külföldön állomásozó szárazföldi orosz haderőnek adva otthont: több mint 7000 fő szolgál itt. Oroszország jelenleg nem fizet a terület használatáért, viszont cserébe katonai és technológiai segítséget nyújt Tádzsikisztánnak.
A tádzsik fél azonban jelenleg nem hajlandó elfogadni ezt a feltételt sem, csakúgy, mint a hosszabbítás javasolt 49 éves időtartamát. Dusanbe szabályos bérleti díjat szedne a bázisok használatáért, és csak tíz évre írná alá a szerződést. Moszkva számára ez a két kikötés a leginkább elfogadhatatlan, így mindent megtesz a „makacs tádzsikok” meggyőzésére, akik emellett bevándorlási engedményeket és olajkoncessziókat is szeretnének a bázisokért cserébe. Az oroszok bíznak hagyományos térségbeli befolyásukban, és ezáltal próbálnak nyomást gyakorolni Dusanbéra. Sokat elárul erről Dmitrij Rogozin miniszterelnök-helyettes Eurasia.org-on olvasható nyilatkozata, miszerint
a NATO erői nem maradnak örökké Afganisztánban, Oroszország azonban örökös partnere ezeknek a (közép-ázsiai) országoknak. Ha, ne adja Isten, a biztonsági és társadalmi helyzet romlásnak indul ezekben az országokban, azonnal eszükbe fog jutni Oroszország.
A viharos előzmények után meglepetésként hatott Igor Suvalov szeptember 22-i bejelentése. A miniszterelnök-helyettes a tádzsik elnökkel folytatott megbeszélés után így nyilatkozott: „Elmondhatom, hogy a fő problémákat vagy megoldottuk, vagy közel járunk a megoldásukhoz.” Alig egy hét telt el azonban a bejelentés óta, amikor Vlagyimir Csirkin tábornok, a szárazföldi csapatok parancsnoka még kilenc hónapra becsülte a tárgyalások időtartamát.
A megállapodás azonban, úgy tűnik, bármi áron megszületik majd, mivel a 2014-es afganisztáni kivonulás közeledtével mindkét fél számára egyre fontosabb a megegyezés. A tárgyalások csődje komoly biztonsági kockázatot jelentene a közép-ázsiai régióban 2014 után.
A Moszkva és Közép-Ázsia közötti erősödő katonai együttműködés bizonyítéka az a nagyszabású légvédelmi hadgyakorlat is, ami október 5. és 16. között kerül megrendezésre. A „Tiszta Égbolt” elnevezésű gyakorlatban Oroszország, Kirgizisztán, Tádzsikisztán és Kazahsztán vesz részt, a műveletek a három közép-ázsiai köztársaság légterében zajlanak majd. A gyakorlat hivatalosan a FÁK-on belüli katonai együttműködés égisze alatt szerveződött meg, és egy lehetséges délről érkező támadás kivédését szolgálja.
Emellett azonban azt is megmutatja, hogy Oroszország számára az afganisztáni kivonulás közeledtével egyre fontosabbá válnak a közép-ázsiai köztársaságokkal fenntartott kapcsolatok, illetve, hogy a várhatóan megnövekvő instabilitás bekövetkeztével Moszkva nem bízhatja déli határvidékének és közép-ázsiai befolyási övezetének védelmét a puszta véletlen szeszélyére. Az instabilitás veszélye pedig könnyen az orosz medve karjaiba kergetheti az eddig multivektorális politikára törekvő Kirgizisztánt és Tádzsikisztánt, akik 2014-től nem számíthatnak a NATO segítségére a regionális stabilitás fenntartásában.